Neue, alte Phelsumen und neue Phelsume...

[The Dude]

Hallo

@tarentola: die Schwachpunkte sehe ich auch, fallen bei den Herren aber immer wieder auf.

Wie gut das du es gesagt hättest. Die Autoren sind ja sehr deutlich umstritten.

Bislang dachte ich, dass * auf hoche Signifikanzen hinweist. Habe aber auch keine Erklärung für den Stern gefunden.

Gruß Patrick

Normalerweise müßte der * in der Legende erklärt sein. Das fehlt aber. Eindeutiger Fehler des Editors. So kann man nur deuten was er bedeutet und ich gehe eher davon aus, dass es nicht unterstützte Knoten sind.
Hohe Signifikanzen würde man, weil man ja stolz drauf ist, eher mit den fettgedruckten Werten kennzeichnen. Knoten die die eigene These stützen würde aber keine Signifikanz haben, lässt man ja liebe unauffällig verschwinden.

Liebe Grüße,
Philipp

[droors]

Hallo

Könntest du mir das Paper auch zuschicken? Würde mich sehr freuen.

marti_andreas@hotmail.com

Danke

[Michael Jetter]

Hallo Patrick,

Interessanter Beitrag.
Ich würde mich über das Paper auch sehr freuen.

mail@michael-jetter.net

Danke und Gruß
Michael

[Benedikt]

Normalerweise müßte der * in der Legende erklärt sein. Das fehlt aber. Eindeutiger Fehler des Editors. So kann man nur deuten was er bedeutet und ich gehe eher davon aus, dass es nicht unterstützte Knoten sind.
Hohe Signifikanzen würde man, weil man ja stolz drauf ist, eher mit den fettgedruckten Werten kennzeichnen. Knoten die die eigene These stützen würde aber keine Signifikanz haben, lässt man ja liebe unauffällig verschwinden.

Die Sternchen in Abbildung 4 (der Stammbaum) kommen in der Form 97/*/16. In der Legende steht dann "Values above branches are MP bootstrap proportions, Bayesian posterior probabilities, and Bremer decay indices." Ist also erklärt und kein Grund für Kritik an Autoren oder Editoren. Im vorhin genannten Beispiel ist also 97 = MP bootstrap proportion, * = Bayesian posterior probability und 16 = Bremer decay index. Sternchen bedeutet, dass es für den jeweiligen Knoten keinen entsprechenden Wert gibt (aus welchen Gründen auch immer). Hat also nicht mit statistischer Signifikanz zu tun, was beispielsweise im Zusammenhang mit Bayes-Statistik nicht sinnvoll ist.

Gruss, Benedikt

[Benedikt]

Und was mir am meisten missfällt ist der Mix des Papers: Niche modelling in einer systematischen Zeitschrift und Systematik in einem Niche modelling paper. Das hätte man separieren sollen.

Den Autoren geht es genau darum zu prüfen, ob die Kombination der beiden Ansätze die systematische Analyse verbessert: "In this study, we explore the potential for ecological niche modeling to inform species delimitation using two species groups of Phelsuma day geckos from Madagascar." (S. 910)

Gruss, Benedikt

[The Dude]

Sternchen bedeutet, dass es für den jeweiligen Knoten keinen entsprechenden Wert gibt (aus welchen Gründen auch immer). Hat also nicht mit statistischer Signifikanz zu tun, was beispielsweise im Zusammenhang mit Bayes-Statistik nicht sinnvoll ist.

Gruss, Benedikt

Woran erkennest du, dass es dafür keinen Wert gibt? Wo steht es?

"In this study, we explore the potential for ecological niche modeling to inform species delimitation using two species groups of Phelsuma day geckos from Madagascar." (S. 910)

Richtig und genau diesen Ansatz finde ich fehlerhaft. Niche modelling kann sicherlich für viele Fragestellung ein äusserst interessantes Feld sein, m.E. aber nicht für Taxonomie. Und wenn die Autoren so viel Bedeutung darauf legen, hätten sie es im Titel kenntlich machen sollen.

Zudem sind die Schlüsse die sie aus dem Baum ziehen fehlerhaft.

Philipp

[Benedikt]

Woran erkennest du, dass es dafür keinen Wert gibt? Wo steht es?

1) Es steht nirgendwo explizit. Es sollten drei Zahlen sein und wenn ein Stern an Stelle einer Zahl steht, so ist für mich klar, dass der Stern ein Platzhalter ist.

2) Im Zusammenhang mit Bayes-Statistik macht es keinen Sinn von statistischer Signifikanz zu reden. Bayes-Statistiker lehnen dieses Konzept grundsätzlich ab.

Richtig und genau diesen Ansatz finde ich fehlerhaft.

Fehlerhaft? Du vertrittst ein andere Meinung, aber deswegen würde ich den Ansatz nicht als "fehlerhaft" bezeichnen. Man wird ja sehen, ob sich der Ansatz durchsetzt. Grundsätzlich ist es begrüssenswert, neue Methoden bzw. Kombinationen von Methoden auszuprobieren. Ich würde sogar behaupten, dass in der Naturwissenschaft oft dort spannende Dinge geschehen, wo zwei Forschungsfelder zusammen kommen.

Gruss, Benedikt

[The Dude]

1) Es steht nirgendwo explizit. Es sollten drei Zahlen sein und wenn ein Stern an Stelle einer Zahl steht, so ist für mich klar, dass der Stern ein Platzhalter ist.

Fehlerhaft? Du vertrittst ein andere Meinung, aber deswegen würde ich den Ansatz nicht als "fehlerhaft" bezeichnen.

Es sollte aber explizit dort stehen, sonst muss man, wie du ja selber sagst, anfangen zu raten.

Auch wenn ich eine andere Meinung habe darf ich einen Ansatz als fehlerhaft ansehen, sonst hätte ich ja keine andere Meinung. Der Ansatz einer Arbeit sollte m.E. im Titel erkennbar sein und alle drei angewandten Methoden sind fehlerhaft. Das macht die Arbeit für mich fehlerhaft und ich hoffe sie setzt sich nicht durch. Ich kenne zumindest schon einige die dem Paper nicht folge leisten werden.

Philipp

[Benedikt]

Es sollte aber explizit dort stehen, sonst muss man, wie du ja selber sagst, anfangen zu raten.

Ja, wäre sicher besser. Aber mir war die Sache mit den Sternchen auf Anhieb klar.

Auch wenn ich eine andere Meinung habe darf ich einen Ansatz als fehlerhaft ansehen, sonst hätte ich ja keine andere Meinung.

Vielleicht ein semantisches Problem? Fehlerhaft wäre für mich 2+3=7. Aber zwei Methoden zu kombinieren ist für mich nicht fehlerhaft.

Der Ansatz einer Arbeit sollte m.E. im Titel erkennbar sein

Der Artikel ist Teil eines Symposiums mit dem Titel "SPECIES DELIMITATION: NEW APPROACHES FOR DISCOVERING DIVERSITY SYMPOSIUM ARTICLES ". Steht so in der (Online-)Zeitschrift.

Der Titel des Artikels ist "Applications of Ecological Niche Modeling for Species Delimitation: A Review and Empirical Evaluation Using Day Geckos (Phelsuma) from Madagascar". Der Ansatz wird im Titel klar genannt.

Das macht die Arbeit für mich fehlerhaft und ich hoffe sie setzt sich nicht durch. Ich kenne zumindest schon einige die dem Paper nicht folge leisten werden.

Schade. Denn mit dem Konzept der Art verknüpft ist auch die Idee, dass jede Art ihre eigene ökologische Nische hat. Insofern scheint es mir sinnvoll, Oekologie und Systematik zu verbinden.

Im gleichen Heft hat es noch einen weiteren Artikel, der auch Nischenmodellierung und Systematik verknüpft: "Adding More Ecology into Species Delimitation: Ecological Niche Models and Phylogeography Help Define Cryptic Species in the Black Salamander (Aneides flavipunctatus)". Scheint also noch mehr Leute zu geben, die den Ansatz gut finden.

Gruss, Benedikt

[The Dude]

Der Titel des Artikels ist "Applications of Ecological Niche Modeling for Species Delimitation: A Review and Empirical Evaluation Using Day Geckos (Phelsuma) from Madagascar". Der Ansatz wird im Titel klar genannt.

Schade. Denn mit dem Konzept der Art verknüpft ist auch die Idee, dass jede Art ihre eigene ökologische Nische hat. Insofern scheint es mir sinnvoll, Oekologie und Systematik zu verbinden.

Im gleichen Heft hat es noch einen weiteren Artikel, der auch Nischenmodellierung und Systematik verknüpft: "Adding More Ecology into Species Delimitation: Ecological Niche Models and Phylogeography Help Define Cryptic Species in the Black Salamander (Aneides flavipunctatus)". Scheint also noch mehr Leute zu geben, die den Ansatz gut finden.

Gruss, Benedikt

Nur weil man Nischenmodellierung gut findet, heisst das noch lange nicht, dass man dieses Paper gut findet. Ich lehne nicht die Nischenmodellelierung als Methode ab, sondern wie sie in diesem Falle durchgeführt wurde.

Die ökologische Nische als solches ist und bleibt in der Biologie umstritten. Die Methode ist ziemlich neu. Ich erinnere mal an die Anfänger der Molekularbiologie und ihre Fehler. Daraus hätte man lernen können.

Warum trennt man denn nicht erstmal beides voneinander um ersteinmal die Methode des Nischenmodellierens sauber zu gestalten?

Der Ansatz der Autoren ist auch eine neue Art zu beschreiben, was hier zur Nebensache wird. Eine Art wird aufgrund eines Merkmales, das die Autoren nicht anerkennen, synonymisiert und dabei geben sie keine geeigneten Informationen zu Fundorten und Datengröße. Warum ist denn P. g. boehmei nicht im Baum enthalten?

Es wurde schlicht weg sehr unsauber gearbeitet.

Philipp

[Benedikt]

Ich nehme es zur Kenntnis und stelle fest, dass sich unsere Vorstellungen, was gute Wissenschaft ist, offenbar grundsätzlich verschieden sind.

Die Wissenschaft lebt davon, dass man Methoden, Ideen und Ansätze entwickelt und weiterentwickelt. Wenn alle nur warten täten, bis alles perfektioniert ist, so wäre Stillstand der Normalfall. Und genau das ist doch das Problem der Systematik: Sie wird als verstaubte Wissenschaft betrachtet.

Gruss, Benedikt

[The Dude]

Die Wissenschaft lebt davon, dass man Methoden, Ideen und Ansätze entwickelt und weiterentwickelt. Wenn alle nur warten täten, bis alles perfektioniert ist, so wäre Stillstand der Normalfall. Und genau das ist doch das Problem der Systematik: Sie wird als verstaubte Wissenschaft betrachtet.

Gruss, Benedikt

Naja das ist schon lange her das die Systematik und Taxonomie als verstaubte Wissenschaft angesehen wurde.
Der Vorteil darauf zu warten bis eine Methode gut entwickelt ist, dass man viele Sachen nicht Rückgängig machen muss die unsaubere Methoden verzapft haben.

Man siehe auch mal Frost et al. zum Beispiel.

Philipp

[laticauda61]

Hallo Benedikt, hallo Philipp,

leider muss ich gestehen, das ich von Eurer Diskussion nur die Hälfte verstanden habe.
Da ich die jetzt neu als Phelsuma ravenala beschriebene Form von Phelsuma dubia schon seit vielen Jahren pflege, ergibt sich für mich nun die Frage: Ist nach der Darstellung der Verwandschaftsverhältnisse im Baum Phelsuma ravenala eine eigenständige Art oder ist dies eher zweifelhaft ?

Viele Grüße Peter

[The Dude]

Hallo Benedikt, hallo Philipp,

leider muss ich gestehen, das ich von Eurer Diskussion nur die Hälfte verstanden habe.
Da ich die jetzt neu als Phelsuma ravenala beschriebene Form von Phelsuma dubia schon seit vielen Jahren pflege, ergibt sich für mich nun die Frage: Ist nach der Darstellung der Verwandschaftsverhältnisse im Baum Phelsuma ravenala eine eigenständige Art oder ist dies eher zweifelhaft ?

Viele Grüße Peter

Nun ja, das kann man so und so sehen.

Was mich wundert ist die Tatsache, dass sie zwar die neue Art beschreiben, gleichzeitig aber dubia ja deutlich unterschiedlich rauskommt, einmal näher an revenala. Da kann man es schon als fraglich betrachten, dass es sich wirklich um zwei Arten handelt oder eben doch nur alles dubia ist.
Ich hab bisher noch nicht die Angaben zu den Abständen gefunden. Die geben mit Sicherheit Aufschluß.
Philipp

[Patrick Schönecker]

Hallo

Hab leider gerade den Überblick darüber verlohren wer noch alles ein Paper wollte. Also bitte an meine Mail Patrick.Schoenecker[at]gmx.de

Gruß Patrick